在正常運行一段時間后，反滲透膜元個會受到在給水中可能存在的懸浮物質或難溶物質的污染，這些污染物中最常見的為碳酸鈣垢、硫酸鈣垢、金屬氧化物垢、硅沉積物及有機或生物沉積物。

污染物的性質及污染速度與給水條件有關，污染是慢慢發展的，如果不早期采取措施，污染將會在相對短的時間內損壞膜元件的性能。

定期檢測系統整體性能是確認膜元件發生污染的一個好方法，不同的污染物會對膜元件性能造成不同程度的損害。表中列出了常見污染物對膜性能的影響。

上表對應的常見清洗液如下：

按現場的分析狀況可根據具體情況具體搭配。

污染物的去除可通過化學清洗和物理沖洗來實現，有時亦可通過改變運行條件來實現，作為一般的原則，當下列情形之一發生時應進行清洗。

1.在正常壓力下如出水流量降至正常值的10～15%；

2.為了維持正常的出水流量，經溫度校正后的給水壓力增加了10～15%；

3.出水水質降低10～15%。鹽透過率增加10～15%；

4.使用壓力增加 10～15%；

5.RO各段間的壓差增加明顯（也許沒有儀表來監測這一跡象）；

在阻垢劑添加系統出現故障或加酸系統出現故障而導致給水 pH 升高，那么碳酸鈣就有可能沉積出來。應盡早發現碳酸鈣垢沉淀的發生，以防止生長的晶體對膜表面產生損傷，如早期發現碳酸鈣垢，可以用降低給水 pH 至 3.0 ～ 5.0 之間運行 1 ～ 2 小時的方法去除。對沉淀時間更長的碳酸鈣垢，則應采用檸檬酸清洗液進行循環清洗或通宵浸泡。

注：應確保任何清洗液的 pH 不要低于 2.0 ，盃則可能會 RO 膜元件造成損害，特別是在溫度較高時更應注意，最高的 pH 不應高于 11.0 。查使用氨水來提高 pH ，使用硫酸或鹽酸來降低 pH 值。

三聚磷酸鈉溶液（參見上表中三聚磷酸鈉溶液）是將硫酸鈣垢從反滲透膜表面去除掉的最佳方法。

可以使用上面所述的去除碳酸鈣垢的方法，很容易地去除沉積下來的氫氧化物 （ 例如氫氧化鐵 ） 。

對于不是與金屬化物或有機物共生的硅垢，一般只有通過專門的清洗方法才能將他們去除。

有機沉積物（例如微生物粘泥或霉斑）可以使用上表清洗液 3 去除，為了防止再繁殖，可使用殺菌溶液在系統中循環、浸泡，一般需較長時間浸泡才能有效，如反滲透裝置停用三天時，最好采用消毒處理。

清洗反滲透膜元件時建議采用上表所列的清洗液。確定清洗前對污染物進行化學分析十分重要的，對分析結果的詳細分析比較，可保證選擇最佳的清洗劑及清洗方法，應記錄每次清洗時清洗方法及獲得的清洗效果，為在特定給水條件下，找出最佳的清洗方法提供依據。

對于無機污染物建議使用清洗液 

1.對于硫酸鈣及有機物建議使用清洗液 

2.對于嚴重有機物污染建議使用清洗液 

3.所有清洗可以在最高溫度為40℃下清洗 60 分鐘，所需用品量以每 100 加侖（379 升）中加入量計，配制清洗液時按比例加入藥品及清洗用水，應采用不含游離氯的反滲透產品水來配制溶液并混合均勻。

清洗時將清洗溶液以低壓大流量在膜的高壓側循環，此時膜元件仍裝壓力容器內而且需要用專門的清洗裝置來完成該工作。

1.用泵將干凈、無游離氯的反滲透產品水從清洗箱 （ 或相應水源 ） 打入壓力容器中并排放幾分鐘。

2.用潔凈的水在清洗箱中配制清洗液。

3.將清洗液在壓力容器中循環 1 小時或預先設定的時間，對于 8 英寸或8.5 英寸壓力容器時，流速為 35~40 加侖 / 分鐘 （133~151 升 / 分鐘 ） ，對于 6 英寸壓力容器流速為 15~20 加侖 / 分鐘 （57~76 升 / 分鐘 ） ，對于 4英寸壓力容器流速為 9~10 加侖 / 分鐘 （34~38 升 / 分鐘 ）

4.清洗完成以后，排凈清洗箱并進行沖洗，然后向清洗箱中充滿干凈的水以備下一步沖洗。

5.用泵將干凈、無游離氯的水從清洗箱 （ 或相應水源 ） 打入壓力容器中并排放幾分鐘。

6.在沖洗反滲透系統后，在排放閥打開狀態下運行反滲透系統，直到產品水清潔、無泡沫或無清洗劑（通常需 15~30 分鐘） .